Hummelbrummel die mitgelieferte Software ist leider mehr als mau... Damit geht quasi fast nix... Ich nutze sie so gut wie nie. Höchtens wie jetzt um auszuprobieren was gehen würde... 
Ich verwende eigentlich so gut wie immer den "My Editor". Mit der Zeit werde ich mir vermutlich aber irgendwann nochmal ein richtiges Editirprogramm zulegen mit dem ich dann auch selbst Dateien erstellen kann.
Direkt die Farbreihenfolge ändern kann man mit dem My Editor leider auch nicht, da immer alls am Ende eingefügt werden würde, aber es gibt einen Trick:
Sagen wir die Sticksequencen sind A, B, C, D
Variante 1: gewünscht ist A, C, D, B (das ist das einfachste)
- B markieren
- mit Strg + x ausschneiden
- dann mit Strg + v wieder einfügen
B wurde einfach nur ans Ende geschoben
Variente 2: gewünscht ist A, C, B, D
Zur Vorbereitung irgendeine Stickdatei öffnen und einfach alles rauslöschen, so dass sie leer ist. (Ich habe mir eine solche Datei gespeichert, so dass ich sie immer gleich zur Hand habe.) Diese dient als Zwischenspeicher.
- B markieren
- mit Strg + x ausschneiden
- mit Strg + v in die leere Datei einfügen
- D markieren
- mit Strg + x ausschneiden
- mit Strg + v in die leere Datei einfügen
- B (in der Datei die als Zwischenspeicher dient) markieren
- mit Strg + x ausschneiden
- mit Strg + v in die gewünschte Datei einfügen
- D (in der Datei die als Zwischenspeicher dient) markieren
- mit Strg + x ausschneiden
- mit Strg + v in die gewünschte Datei einfügen
Die neu eingefügte Sequenz wird immer ans Ende gestellt, deswegen muss man in der gewünschten Reihenfolge kopieren. Geht aber prinzipiell mit beliebig vielen Sequenzen. Ggf. kann man auch mehrere gleichzeitig markieren und verschieben, dann geht es noch etwas flotter.
Klingt zwar kompliziert, ist aber eigentlich ganz einfach und dauert nur wenige Sekunden.